В соответствии с разделами 6, 7 и 8 Уголовно-процессуального кодекса РТ, расследование разделено на четыре стадии: доследственное производство; дознание; предварительное следствие и судебное следствие.
На основании статьи 140 УПК РТ поводом и основанием к возбуждению уголовного дела признаны: заявление о преступлении; явка с повинной; сообщение должностного лица предприятий, учреждений, организаций; сообщение в средствах массовой информации; непосредственное обнаружение дознавателем, следователем или прокурором сведений, указывающих на признаки преступления.
При обнаружении повода и оснований для возбуждения уголовного дела, в соответствии со статьями 146, 147,148, 149 и 150 УПК РТ решается вопрос о возбуждении уголовного дела. После возбуждения уголовного дела, проводится дознание или предварительное следствие до передачи дела суду.
По окончании предварительного расследования следователь направляет дело с обвинительным заключением прокурору, который обязан в течение 7 суток изучить поступившее с обвинительным заключением уголовное дело и в соответствии со статьёй 250 УПК решить вопрос о передаче уголовного дела в суд.
После получения уголовного дела судом в соответствии с разделом 8 УПК РТ начинается разбирательство уголовного дела в суде первой инстанции.

В главе 8 «Суд» Конституции Республики Таджикистан прописаны полномочия и обязанности органа, осуществляющего судебное следствие.
В статье 84 Конституции Республики Таджикистан говорится о том, что судебная власть, будучи независимой, осуществляется от имени государства судьями. Судебная власть защищает права и свободы человека и гражданина, интересы государства, организаций, учреждений, интересы государства, организаций, учреждений, законность и справедливость.
Судебную власть осуществляет Конституционный суд, Верховный суд, Высший экономический суд, Военный суд, суд Горно-Бадахшанской автономной области, областные, города Душанбе, городские и районные суды, экономический суд Горно-Бадахшанской автономной области, экономические суды областей и города Душанбе (в редакции закона РТ от 22.06.2003г.).
Организацию и порядок деятельности судов определяет Конституционный закон. Срок полномочия судей - 10 лет (в редакции закона РТ от 22.06.2003г.). Создание чрезвычайных судов запрещается.

В соответствии с ст.36 УПК РТ, органы прокуратуры кроме функции надзора за соблюдением закона с уголовными делами, имеют следующие обязанности:
- Прокурор является государственным должностным лицом, в пределах своей компетенции осуществляющим обвинение от имени государства и обеспечивающим осуществление уголовного преследования на всех стадиях уголовного процесса;
- Прокурор осуществляет надзор за точным, единообразным исполнением законов органами дознания, предварительного следствия;
- Прокурор, участвующий в рассмотрении уголовного дела судом, именуется государственным обвинителем.

В соответствии со ст.9 Конституции РТ, государственная власть основывается на принципе ее разделения на законодательную, исполнительную и судебную. Надзорные функции осуществляются органами прокуратуры Республики Таджикистан в соответствии с Конституционным законом Республики Таджикистан «Об органах прокуратуры Республики Таджикистан».
По основаниям статьи 84 Конституции Республики Таджикистан предусмотрено, что: «Судебная власть является независимой и осуществляется от имени государства судьями. Судебная власть защищает права и свободы человека и гражданина, интересы государства, организаций, учреждений, законность и справедливость личности, интересы государства, организаций, учреждений, законность и справедливость».
Суд в рамках судебного следствия исследует законность действий должностных лиц, являющихся представителями государственных органов других ветвей власти, и дает правовую оценку в принимаемых им судебных актах.

Положения о правах обвиняемых и жертв преступлений содержатся в статьях 19, 20 и 21 Конституции Республики Таджикистан.
В соответствии со статьёй 19 Конституции РТ, каждому гарантируется судебная защита. Каждый вправе требовать, чтобы его дело было рассмотрено компетентным, независимым и беспристрастным судом. Никто не может быть подвергнут без законных оснований задержанию, аресту. Лицо вправе с момента задержания пользоваться услугами адвоката. А в статье 20 Конституции РТ говорится, что никто не считается виновным в совершении преступления до вступления приговора суда в законную силу.
Государство гарантирует потерпевшему судебную защиту и возмещение нанесенного ему ущерба в соответствии со ст.21 Конституции РТ.

Обязательства органов уголовного преследования по отношению к правам жертв преступлений и свидетелям по уголовным делам:
- законность при производстве по уголовным делам (ст. 9 УПК РТ);
- уважение чести и достоинства личности - обязанность должностных лиц и органов, осуществляющих производство по уголовному делу (ст.10 УПК РТ);
- охрана прав и свобод личности при производстве по уголовным делам. При наличии достаточных данных о том, что потерпевшему, свидетелю или другим участникам уголовного судопроизводства, а также членам их семей или близким родственникам угрожают убийством, применением насилия, уничтожением или повреждением имущества, либо иными опасными противоправными действиями, суд, судья, прокурор, следователь, дознаватель обязаны в пределах своей компетенции принять предусмотренные законом меры к охране жизни, здоровья, чести, достоинства и имущества этих лиц (в редакции Закона РТ от 02.08.2011г. №755) (ст.12 УПК РТ);
- участникам уголовного судопроизводства, не владеющим языком судопроизводства, обеспечивается право делать заявление, давать показания, заявлять ходатайства, знакомиться со всеми материалами дела и пользоваться услугами переводчика в порядке, установленном УПК РТ, или уголовное судопроизводство ведется на языке большинства населения данной местности (Ст.18 УПК РТ).

Глава 47 УПК РТ предусматривает производство по возмещению вреда, причиненного незаконными действиями суда и органов, осуществляющих досудебное производство по уголовному делу.
В ст.461 УПК РТ прописаны основания и условия возникновения права на возмещение вреда.
Вред, причиненный гражданину в результате незаконного задержания, содержания под стражей и домашним арестом, временного отстранения от должности, помещения в медицинское учреждение, осуждения, применения принудительных мер медицинского характера, возмещается государством в полном объеме, независимо от вины дознавателя органа дознания, следователя, прокурора и суда.
 Право на возмещение ущерба возникает при условии:
- освобождения задержанного или арестованного ввиду неподтверждения подозрения в совершении преступления;
- прекращения уголовного дела по основаниям, предусмотренным ст.ст. 27 и 234 УПК РТ;
- постановления оправдательного приговора;
- изменения квалификации содеянного на статью закона, предусматривающую менее тяжкое преступление, с назначением по этой статье нового, более мягкого наказания, или исключения из приговора части обвинения и снижения в связи с этим наказания;
- отмены незаконного определения суда о применении принудительных мер медицинского характера.
 В случае смерти гражданина право на возмещение вреда в установленном порядке переходит к его наследникам, а в части получения пенсий и пособий, выплата которых была приостановлена, - к тем членам его семьи, которые относятся к кругу лиц, обеспечиваемых пенсией по случаю потери кормильца.
Вред не подлежит возмещению в том случае, если гражданин в процессе дознания, предварительного следствия и судебного разбирательства путем самооговора способствовал наступлению указанных в части 1ст.461 УПК РТ последствий. Однако самооговор, явившийся следствием применения к гражданину насилия, угроз и иных незаконных мер, не препятствует возмещению вреда. При этом факт применения незаконных мер должен быть установлен следственными органами, прокурором или судом.

В статье 24 УПК РТ предусмотрено, что в зависимости от характера и степени тяжести совершенного преступления обвинение в суде осуществляется в частном, частно-публичном и публичном порядке.
В главе 37 Уголовно- процессуального кодекса Республики Таджикистан регламентируется производство по делам частного и частно-публичного обвинения.

В соответствии со статьей 6 УПК РТ - процессуальное соотношение государственного обвинения с частным происходит в том, что сторона обвинения - прокурор (государственный обвинитель), потерпевший (частный обвинитель), гражданский истец, законные представители и представители потерпевшего и гражданского истца, то есть они оба выступают на стороне обвинения.

Согласно требованиям статьи 238 УПК РТ, прекращенное уголовное дело возобновляется, если не истек срок привлечения к уголовной ответственности лица, продвижение прекращенного уголовного дела возобновляется постановлением прокурора в следующих случаях:
- отмены постановления следователя о прекращении уголовного дела;
- удовлетворения судом в порядке, предусмотренном статьей 124 УПК, жалобы на необоснованное прекращение уголовного дела.
 О возобновлении производства по делу письменно уведомляются подозреваемый, обвиняемый, их защитники, потерпевший и его представитель, гражданский истец, гражданский ответчик и их представители, а также лицо или учреждение, по заявлению которых дело было возбуждено.